Taxonomía: el valor del toque humano y la cooperación

Compart aquí un par de notas en Nature muy interesantes:

Taxonomy: add a human touch too
http://www.nature.com/nature/journal/v467/n7317/full/467788a.html
Antonio G. Valdecasas & Quentin D. Wheeler
Journal name: Nature Volume: 467 , Page: 788 Date published: (14 October 2010)
DOI: doi:10.1038/467788a

Norman MacLeod and colleagues' call to develop automated species-identification systems is laudable (Nature 467, 154–155; 2010), but let's not forget a core feature of taxonomic work that depends on a scholar's input — the discovery of new characters.

Unexpected evolutionary novelties in morphology and physiology, for example, are what make taxonomic exploration rewarding. Taxonomists set out to discover and track such novelties and their evolutionary history. It is in this sense that taxonomy provides the empirical basis for understanding speciation and phylogeny.

There is a place for automated pattern detection, but it would not work with the 5,000 species of Drosophila, say, which are identified by their many different structures. Taxonomy can independently test and verify identifications without relying on patterns of single characters, as the long list of synonymies in any biological group testifies. The practice of taxonomic revision and publishing detailed monographs ensures that character distributions, species status and phylogenetic relationships are subject to repeated and critical testing.

We should beware the trend to confuse automatic identification tools with those that are useful for discovering new species. The emerging field of cybertaxonomy is an advance only if it is understood as enhancing and enabling theory-rich descriptive taxonomy, not replacing it.

As in many other modern scientific fields, including diagnostic medicine and molecular genetics, a final step involving a human expert is essential.

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Taxonomy: include social networking
http://www.nature.com/nature/journal/v467/n7317/full/467788b.html
Jonathan Silvertown
Journal name: Nature Volume: 467 , Page: 788 Date published: (14 October 2010)
DOI: doi:10.1038/467788b

Help with the shortage of professional taxonomists needed to identify organisms (Nature 467, 154–155; 2010) may also come from an unexpected source — social networking on the Internet.

Through social networking, the identification process can be made more efficient while simultaneously spreading real taxonomic knowledge. The facility is available to anyone, unlike other technologies that require specialized equipment.

In its first year of operation, the website iSpot (http://ispot.org.uk) has helped 6,000 users to identify 25,000 sightings of some 2,500 species, from lichens to birds. The website works by linking experts (including amateur experts) with beginners through a sophisticated reputation system that encourages users to help and learn from each other.

Eventually, DNA bar-code matching and image recognition might be added to the tools available. But these will be aids, not replacements, for people learning how to identify species.

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Nuevo blog de Cladistica y Biogeografia

He recibido noticia del lanzamiento en linea de un nuevo blog relacionado con Filogenia y Biogeografia:
http://cladisticaybiogeografia.blogspot.com/

Bienvenido a la blogosfera! Estaremos pendientes de este foro y le deseamos larga vida.

How did flowering plants evolve to dominate Earth?

December 1, 2009 06:10 PM
To Charles Darwin it was an 'abominable mystery' and it is a question which has continued to vex evolutionists to this day: when did flowering plants evolve and how did they come to dominate plant life on earth? Today a study in Ecology Letters reveals the evolutionary trigger which led to early flowering plants gaining a major competitive advantage over rival species, leading to their subsequent boom and abundance.

The study, by Dr Tim Brodribb and Dr Taylor Field of the University of Tasmania and University of Tennessee, used plant physiology to reveal how flowering plants, including crops, were able to dominate land by evolving more efficient hydraulics, or 'leaf plumbing', to increase rates of photosynthesis.
"Flowering plants are the most abundant and ecologically successful group of plants on earth," said Brodribb. "One reason for this dominance is the relatively high photosynthetic capacity of their leaves, but when and how this increased photosynthetic capacity evolved has been a mystery."

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La bioinformática se consolida en la Argentina

La bioinformática se consolida en la Argentina | bioinformaticos.com.ar

La bioinformática puede contribuir al diseño de drogas más eficientes o explicar cómo nuestras células toman decisiones frente a diferentes circunstancias, entre muchas otras posibilidades. En Estados Unidos y en varios países de Europa ese campo del conocimiento está en pleno auge. Se trata de una nueva ciencia que promueve el uso de la informática en el estudio de los seres vivos.
A fin de promover su desarrollo en la Argentina acaba de nacer la Asociación Argentina de Bioinformática y Biología Computacional (AABBC / http://www.a2b2c.org.ar/.). Reúne a investigadores y profesionales de distintas ramas de la biología, de la matemática, la química y la informática.
“La biología enfrenta un momento muy complejo. Actualmente somos capaces de producir una gran marea de datos, en particular con los proyectos genómicos. Pero obtener muchos datos no significa necesariamente entender mucho”, explicó Cristina Marino Buslje, presidenta de AABBC, egresada de la Universidad Autónoma de Barcelona y actualmente investigadora de la Universidad de Buenos Aires. Y agregó: “La bioinformática y la biología computacional van a ser protagonistas porque son imprescindibles para procesar esos datos y convertirlos en conocimiento”.
“La biología computacional cruza a toda la biología en forma transversal. Es posible modelar en la computadora desde ecosistemas hasta la interacción molecular de una droga con su receptor”, señaló el vicepresidente de AABBC Fernán Agüero e investigador de la Universidad de San Martín. Agüero llamó a sumar esfuerzos para divulgar la biología computacional y formar profesionales en el campo.
Asimismo, Marcelo Marti, investigador del Conicet en la Universidad de Buenos Aires y miembro de la recién inaugurada fundación afirmó que “estudiar y modelar procesos biológicos en la computadora es esencial tanto para las ciencias básicas –generando hipótesis que deben ser puestas a prueba en el laboratorio–, como para las aplicadas, ya que constituye la base de un número creciente de desarrollos.”


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Scientists Launch Effort To Sequence The DNA Of 10,000 Vertebrates

Scientists have an ambitious new strategy for untangling the evolutionary history of humans and their biological relatives: Create a genetic menagerie made of the DNA of more than 10,000 vertebrate species. The plan, proposed by an international consortium of scientists, is to obtain, preserve, and sequence the DNA of approximately one species for each genus of living mammals, birds, reptiles, amphibians, and fish.

"Understanding the evolution of the vertebrates is one of the greatest detective stories in science," said David Haussler, a Howard Hughes Medical Institute investigator at the University of California, Santa Cruz (UCSC). "No one has ever really known how the elephant got its trunk, or how the leopard got its spots. This project will lay the foundation for work that will answer those questions and many others."
Known as the Genome 10K Project, the approximately $50 million initiative is "tremendously exciting science that will have great benefits for human and animal health," Haussler said. "Within our lifetimes, we could get a glimpse of the genetic changes that have given rise to some of the most diverse life forms on the planet."

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Resucitará la Taxonomia en China?

China Searches for an 11th-Hour Lifesaver for a Dying Discipline -- Jiao 325 (5936): 31 -- Science
Una nota reciente en Science 3 July 2009 describe la urgente necesidad de revitalizar la investigación taxonómica en China. Como lo estan haciendo?
La receta incluye tomar una posición clave en las instituciones para el financiamiento de la ciencia. Resulta que el Presidente de NSFC, la agencia principal de financiamiento de ciencia basica en China, es Chen Yiyu, un taxonomo. La segunda parte es aventar dinero, mucho dinero $500,000 dolares a los taxónomos. Y se anuncia que para 2010 viene mas dinero!

La tercera y cuarta parte son dos argumentos cuestionables: evaluación especial para taxónomos y voltear a la taxonomía molecular. Se propone que los taxónomos deberían ser evaluados con otros estándares, en vez de contar artículos publicados en revistas de impacto y numero de citas. Le han hecho caso a Chen? Parece que si! Algunas instituciones ahora evalúan a los taxonomos por las monografias que producen, no el factor de impacto. Es la solucion?

Chen identifica el cuarto ingrediente: el futuro de la taxonomia mejorará si se incluyen métodos de la biología molecular, por ejemplo el uso de DNA barcodes para identificación de especies. Según Chen es tiempo de que la taxonomía clásica en China avance: "El periodo de los taxónomos simplemente identificando especies ya ha pasado".

Su visión contempla taxónomos trabajando junto a biólogos moleculares rejuveneciendo la taxonomía en China.

Dechronization Interviews Jack Sullivan, Editor-in-Chief of Systematic Biology

En el blog "Dechronization" se ha publicado una entrevista muy interesante a Jack Sullivan, Editor-in-Chief de Systematic Biology.

Esta es la primera pregunta (y la respuesta):

Question: What are the most exciting recent developments in systematics?

I think there are three. First, there are second-order statistical analyses that can now be applied across a sample of trees from a Bayesian posterior distribution. These include biogeography, comparative methods, and macroevolutionary tests. We used to have to rely on a single tree for our analyses; now we can do the same analyses accounting for phylogenetic uncertainty by sampling from the posterior distribution of trees.

Second, the explicit accommodation of incongruence in analyses of multilocus data through the use of the coalescent. I think it will be really cool when we can use these approaches to differentiate between incongruence caused by coalescent stochasticity from that caused by nonvertical transmission such as horizontal gene transfer or hybridization.

Third, the development of phylogenomics. I remember a symposium debate at the Evolution meetings when I was a graduate student in the early 1990s. The debate was about total evidence approaches versus other methods. During the debate, someone raised the question of, “If we could sequence every single nucleotide in the genome, would we then get the best possible estimate of the phylogeny?” I think that emerging datasets demonstrate that the answer to this question might be, “not necessarily.”

Les recomiendo leer la entrevista completa en:
http://treethinkers.blogspot.com/2009/04/dechronization-interviews-jack-sullivan.html

La biogeografía y sus principios fueron abordados en un curso de posgrado. Argentina

La biogeografía y sus principios fueron abordados en un curso de posgrado - Corrientes Al Día - www.corrientesaldia.com.ar:
viernes.6.mar.2009

Se dictó en la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales y Agrimensura el Curso de posgrado “Biogeografía. Principios y Métodos Actuales. Ejemplos de la Región Neotropical”, a cargo de los Profesores doctor Fernando Lobo y licenciado Juan Manuel Díaz Gómez. Ambos profesionales son docentes de la Universidad Nacional de Salta, con amplios y excelentes antecedentes en la temática del Curso."

Más información: http://www.corrientesaldia.com.ar/noticia/125714/La_biogeografia_y_sus_principios_fueron_abordados_en_un_curso_de_posgrado.aspx

Sitio web del curso: http://exa.unne.edu.ar/carreras/cursos_posgrado.php

EN CHILE REALIZARON CURSO DE ANALISIS FILOGENETICO

ESTUDIANTES DE TODO CHILE-REALIZARON CURSO DE ANALISIS FILOGENETICO DE SECUENCIAS DE ADN

Fuente de la informacion:


Universidad Austral de Chile

Actividad se llevo a cabo en la Universidad Austral de Chile en el marco de un proyecto Fondecyt de Incentivo a la Colaboración Internacional.

Entre el 13 y el 17 de enero, 2009 se realizó en la sala Universia de la Universidad Austral de Chile el Curso-Taller "Análisis Filogenético de Secuencias del ADN", dictado por el Dr. Marcos Pérez Losada, académico de la Universidad Brigham Young, de Utah, USA.

Este curso, que se impartió a 25 estudiantes de pre y postgrado de la UACh y otras universidades del país, fue organizado por los Dres. Milton Gallardo y José Núñez, en el contexto del Proyecto Fondecyt de Incentivo a la Colaboración Internacional. Contó además, con el auspicio de la DID-UACh y el Decanato de la Facultad de Ciencias.

Durante las 60 horas del taller, los alumnos aprendieron el manejo de bases de datos de Genbank, edición de secuencias, selección de modelos de sustitución nucleotídica, reconstrucción filogenética, edición de los árboles filogenéticos y estimación del tiempo de divergencia entre taxones. La actividad finalizó con la entrega de certificados de asistencia.

Edición: Universia / PV

Lords debate systematics and taxonomy report

26 March 2009

Lord Sutherland of Houndwood, Chairman of the Lords Science and Technology Sub-Committee on Systematics and Taxonomy, opened the debate on 25 March in the Grand Committee of the House of Lords, on the report by the Committee and the Government's response to the report.

• Lords Hansard: Systematics and Taxonomy (S&TC Reports)
• Report: Systematics and Taxonomy: Follow-up
• Report: Systematics and Taxonomy Follow-up: Government Response
• Parliament News: Committee reassert call for systematic biology support
• House of Lords Science and Technology Committee

Lords Select Committee reports are generally discussed either on the floor of the House (in the Chamber) or in Grand Committee. Any Member of the Lords can take part and a minister responds for the Government. The debate usually takes place once the Government has formally responded to the committee's recommendations.