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11 de mayo de 2020

Curso Introducción a la Filogenómica, 1-9 octubre, ONLINE


Estimad@s colegas,


Ya está abierta la inscripción para el curso de Transmitting INTRODUCTION TO PHYLOGENOMICS – 2nd edition. Debido a las restricciones para viajar causados por la pandemia de COVID-19 este curso se impartirá en directo online.


Fechas: 1-9 de octubre, 2020.

Profesorado: Jeremy M Brown (Louisiana State University, USA) y Robert Thomson (University of Hawaii, USA).



Resumen del curso (en inglés, que es el lenguaje en el que se impartirá el curso):

 

This workshop will introduce participants to the theory and tools for phylogenetic inference in the era of genome sequencing. Course material will focus on statistical methods for phylogeny estimation, software implementing these methods, applications of these methods to large molecular datasets, and discuss trade-offs and tools for improving the accuracy of phylogenomic analyses. In hands-on practical sessions, participants will gain experience working with bioinformatic and statistical tools for analyzing large datasets.
The course is intended to facilitate ongoing or planned phylogenomics projects by students, so they are encouraged to notify instructors in advance about the topics of greatest relevance to their own work.
Example software: RevBayes, IQTree, SVDQuartets, ASTRAL, TreeScaper


Más información e inscripciones: https://www.transmittingscience.com/courses/evolution/introduction-to-phylogenomics/ o escribiendo a courses@transmittingscience.com

Un cordial saludo

Sole

4 de septiembre de 2017

Course on Metagenomics and Barcoding in Crete, March 19-23, 2018

Transmitting Science is offering a new course on its new venue: AN INTRODUCTION TO METAGENOMICS AND METABARCODING.

Dates: March 19-23, 2018.

Place: Heraklion (Crete, Greece).

Instructor: Dr. M. Lisandra Zepeda-Mendoza (Chr. Hansen – Bacterial Physiology & Improvement, Denmark).

Metagenomics is the study of the collection of genomes in an environment. Environments as diverse as Antarctic lakes, hot springs, or the human gut can be biologically characterized by extracting and sequencing DNA from samples taken from them. A characteristic of many of these samples is their complexity, posing difficulties to their analysis and characterization. However, metagenomics allows the taxonomic and functional characterization of samples. These two kinds of characterizations also enable the comparison of different habitats for biodiversity assessment.
In this course students will be introduced to the command line environment used to analyze high-throughput sequencing data (HTS). The initial cleaning steps that must be performed on every HTS dataset will be described and we will use the processed data for proper functional and taxonomical characterization of a metagenomic dataset. We will use methods such as mapping to whole genome databases, de novo assembly, gene annotation, building of non-redundant gene catalogue, and metagenomic species concept identification. Due to the wide usage of metabarcoding for the taxonomic characterization of an environment, we will also discuss amplicon sequencing strategies and data analysis. The course will be based on both theory and hands-on exercises.


9 de enero de 2017

Curso de Morfometría Geométrica y Filogenia, 11-15 de Septiembre, Barcelona (España)

Estimados colegas,

Ya está abierta la inscripción a la 8ª edición del curso GEOMETRIC MORPHOMETRICS AND PHYLOGENY
 
PROFESOR: Prof. Chris Klingenberg (University of Manchester, UK).

FECHAS: 11-15 de Septiembre, 2016.

LUGAR: Centre of Restauració i Interpretació Paleontologica, Els Hostalets de Pierola, Barcelona(España).

  

Organizado por Transmitting Science, el Institut Catalá de Paleontologia Miquel Crusafont y el Centre de Restauració i Interpretació Paleontològica.

5 de septiembre de 2016

Curso de Análisis filogenéticos con R - del 6 al 10 de Marzo, 2017 Barcelona.

Ya está abierta la inscripción al curso  "Phylogenetic Analysis Using R – 4ª edición"; del 6 al 10 de Marzo, 2017.

Profesores: Dr. Emmanuel Paradis (Institut de Recherche pour le Développement, France) y Dr. Klaus Schliep (University of Massachusetts Boston, United States of America).


Este curso se centra en el análisis de secuencias moleculares múltiples en varios niveles: poblaciones, especies, comunidades y clados. Durante el curso se abordarán cuestiones sobre las relaciones evolutivas entre estas secuencias, así como la evolución de la biodiversidad a diferentes escalas.

Los objetivos principales del curso son: (i) aprender a distinguir estrategias de análisis de datos moleculares a nivel inter- o intraespecífica, (ii) ser capaces de iniciar un análisis filogenético a partir de los archivos de secuencias moleculares, la interpretación de los resultados y los gráficos obtenidos.

Además se enseñará la aplicación de paquetes estadísticos de R especializados en este tipo de análisis. En particular ape, phangorn, y adegenet.

Para este curso se requieren conocimientos previos en estadística multivariante, filogenias y evolución molecular así como un nivel usuario de estadística con R.

No olvidéis visitar la sección de financiación de nuestra web para ver los descuentos disponibles (http://www.transmittingscience.org/courses/financial-support ).



27 de septiembre de 2015

Curso de Análisis Multivariante en Ecología y Evolución, 18-22 de Enero, Barcelona.

Matrícula reducida extendida al 30 de Octubre para el curso  "MULTIVARIATE DATA ANALYSIS FOR ECOLOGY AND EVOLUTION IN R"; del 18 al 22 de Enero, 2016.

Profesores: Dr. Dean C. Adams (Iowa State University, Estados Unidos) y Dr. Antigoni Kaliontzopoulou (Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos (CIBIO), Portugal).

 
Este curso está dirigido a estudiantes de doctorado e investigadores interesados en explorar el potencial de R para análisis multivariantes en los campos de la ecología y la evolución. El curso constará de una presentación general de las herramientas estadísticas principales para análisis multivariantes, incluyendo métodos de exploración, GLM multivariado, métodos de control de no-independencia evolutiva y ecológica, selección de modelos y análisis de dispersión.

El curso incluirá sesiones de mañana y tarde. Durante las sesiones de mañana, los profesores discutirán temas clave en ecología y evolución y los asociarán a las herramientas estadísticas existentes para explorar cuestiones científicas específicas. Las sesiones de tarde empezarán con una corta (1h) demostración de R en base a un ejemplo y seguirán con prácticas de los participantes. Al final del curso cada participante dará una presentación sobre su investigación, a poder ser incluyendo algunos análisis hechos durante el curso, así como ideas sobre cómo podrían incorporar lo aprendido en el curso en su investigación.

21 de abril de 2015

Workshop "The use of Phylogenies in the study of Macroevolution - 3rd edition", Barcelona

Registration is open for the course "THE USE OF PHYLOGENIES IN THE STUDY OF MACROEVOLUTION - 3rd edition"

Dates: Septiembre 28 - October 2, 2015.

Instructor: Dr. Juan López Cantalapiedra (Museo de Ciencias Naturales, CSIC, Spain).

This course is aimed at postgraduate students, postdoctoral reserachers and established academics, and can be validated by 4 ECTS at European Universities.

Webpage and registration: http://www.transmittingscience.org/courses/evol/phylogeny-and-macroevolution/ or writing to courses@transmittingscience.org

First, this course will introduce participants to the use, modification and representation of phylogenetic trees. Then, we will focus on the use of phylogenetic information to reconstruct ancestral characters and biogeographic histories, learning how to apply Phylogenetic Comparative Methods. This course will also tackle trait evolution modeling and the assessment of phylogenetic signal. Finally, we will learn about the shape of phylogenetic trees and its evolutionary causes and how to estimate the rates of diversification throughout the evolutionary history of groups. Participants are encouraged to bring their data sets to use in the practical class.
Important note: Please bear in mind that this course is not about reconstructing (building) phylogenetic trees.

Software: Mesquite, FigTree, BayesTraits (using BayesTraits Wrapper in R), RASP and R (ape, TreeSim, TreePar, Geiger, OUwie, BioGeoBEARS).

Place:  Facilities of the CRIP at  Els Hostalets de Pierola, Barcelona (Spain).

Organized by: Transmitting Science, the Centre de Restauració i Interpretació Paleontologic and the Institut Catalá de Paleontologia Miquel Crusafont.

17 de octubre de 2014

PHYLOGENY AND BIODIVERSITY: INTEGRATING SYSTEMATIC, GEOGRAPHIC, AND PHYLOGENETIC INFORMATION FOR ECOLOGY AND CONSERVATION

Taller de postgrado
PHYLOGENY AND BIODIVERSITY: INTEGRATING SYSTEMATIC, GEOGRAPHIC, AND PHYLOGENETIC INFORMATION FOR ECOLOGY AND CONSERVATION.

Docentes:
Brent Mishler,  Bruce Baldwin, David Ackerly.
Department of Integrative Biology, University of California, Berkeley.

Lugar: Universidad de Chile, Santiago, Chile.
Fecha: 17 -19 de Noviembre 2014

El taller mismo se realizará los días 17 y 18, finalizando con un seminario abierto de cierre, el día 19 de Noviembre.
Temáticas a abordar:
  • Importancia de la clasificación filogenética en conservación
  • Basesde datos y su importancia en evaluación y conservación de flora.
  • Ejemplos de su implementación y uso (Jepson eFlora Project)
  • Índices basados en filogenias para cuantificar biodiversidad
  • Diversidad y endemismo filogenético, paleo versus neo endemismo.
  • Modelos de distribución de especies y su interacción con los modelos evolutivos

Taller práctico para el uso de software: Phylocom, Picante, Biodiverse.

Cupos limitados. Los interesados favor enviar Curriculum Vitae y carta de interés al mail rscherson@uchile.cl antes del 3 de Noviembre.
 Importante: Los asistentes al taller deberán llevar su propio computador personal. Los software a utilizar serán de acceso libre y se detallarán a los seleccionados para ser descargados antes del taller.

El taller es gratuito, sin embargo los gastos de viaje y estadía deberán ser cubiertos por los interesados.

9 de septiembre de 2014

Curso "HISTORICAL BIOGEOGRAPHY: FUNDAMENTALS AND APPLICATIONS"

FECHAS: 15-19 de Junio, 2015.

PROFESORAS: Dra. Lone Aagesen (IBODA, CONICET, Argentina) y Dra. Claudia A. Szumik (Miguel Lillo Foundation, CONICET, Argentina).

LUGAR:  Instalaciones del Centre of Restauració i Interpretació Paleontologica, Els Hostalets de Pierola,  Barcelona (España).

WEBPAGE: http://www.transmittingscience.org/courses/biog/historic-biogeography/

Organizado por: Transmitting Science, el Institut Catalá de Paleontologia Miquel Crusafont y el Centre de Restauració i Interpretació Paleontologica de Els Hostalets de Pierola.

Para más información escribir a courses@transmittingscience.org.
 
 
 

21 de agosto de 2013

Curso “Systematics and Biogeography”

A toda la comunidad,

Curso  “Systematics and Biogeography”, impartido por el Dr. Ward Wheeler del “American Museum of Natural History” (AMNH) de Nueva York que se imparte a los estudiantes de doctorado del “Richard Gilder Graduate School” del mismo museo va a ser transmitido por video conferencia en el Instituto de Biología.

Las clases serán los martes y jueves del 03 de septiembre al 12 de diciembre del 2013 de 8 a 9:15 am.  Las sesiones serán transmitidas en el aula de videoconferencias del Instituto de Biología. Los jueves habrá una sesión práctica en el aula de cómputo del mismo Instituto.

El curso abordará diversos aspectos teóricos y prácticos de la sistemática filogenética y biogeografía actual y es un curso muy completo y que es un magnífico complemento a los cursos que se imparten en nuestra institución. El Dr. Wheeler es uno de los investigadores mas relevantes en la teoría y en la práctica de la sistemática.

El curso será impartido en inglés y yo estaré ahí personalmente para facilitar la comunicación con el AMNH.

A todos los interesados, les pido comunicarse conmigo (aoceguera@ib.unam.mx) a la brevedad posible ya que tenemos que enviar una lista de participantes en los próximos días. Necesito que me indiquen su nombre completo y su correo electrónico.

Saludos

Dr. Alejandro Oceguera
Laboratorio de Helmintología
Instituto de Biología, UNAM.
aoceguera@ib.unam.mx

13 de junio de 2013

1er "Curso Básico de Cladistica y Métodos de Filogenia" en Ecuador


Este viernes finalizamos lo que al parecer, según he averiguado, es el 1er "Curso Básico de Cladistica y Métodos de Filogenia" que se realiza en Ecuador, país al que he venido de Venezuela por 1 o 2 años para colaborar en entomología medica, arbovirosis y por supuesto en la enseñanza de Cladistica.

Aqui presento el programa que realizamos, y los estudiantes de pre, post y profesionales que asistieron. Lo próximo será realizar talleres prácticos y posteriormente a finales de año o inicios del 2014 posiblemente armar el segundo curso teórico-práctico.

saludos desde Quito,

JC



______

Juan Carlos Navarro, Ph.D.
Investigador Prometeo, Senescyt-Ecuador

Afiliación Institucional:
Instituto Nacional de Investigación en Salud Publica  &
Centro Internacional de Zoonosis, Univ.Central del Ecuador.
Quito, Ecuador


Dirección Permanente
Profesor-Investigador, Titular
Lab Biología de Vectores, Instituto de Zoología y Ecología Tropical,
Universidad Central de Venezuela, Caracas, Venezuela.

Website: http://ucv.academia.edu/JuanCarlosNavarro
https://www.researchgate.net/profile/Juan-Carlos_Navarro/?ev=hdr_xprf


Universidad Central del Ecuador (UCE)
Centro Internacional de Zoonosis (CIZ)
Proyecto Prometeo-Senescyt

CURSO:

PRINCIPIOS BASICOS TEORICOS DE CLADISTICA Y METODOS DE FILOGENIA:
Desde la morfología hasta el ADN.
26 Abril – 14 Junio 2013[*]



 

Coordinador Científico:                Prof. Washington Benítez-Ortiz Ph.D.
Coordinador Académico:              Prof. Juan-Carlos Navarro, Ph.D, Investigador Prometeo-Senescyt-INSPI-CIZ-UCE (Universidad Central de Venezuela)
Lugar:                                                         Auditorio 2 / CIZ-UCE
Número de horas:                              TOTAL 36 horas
21 horas teóricas
15 horas práctica
10 horas consultas e informes
Aval Académico:                                Instituto Universitario de Capacitación Pedagógica



 

OBJETIVO GENERAL

 

Iniciar al participante en los conceptos, filosofía y práctica de la Cladística como método de inferencia evolutiva para estudios y análisis de filogenia, así como sus aplicaciones en las diferentes áreas de la Biología general.

JUSTIFICACION


Diversas áreas de la Biología requieren estudios para inferir patrones evolutivos. Esto permite la definición de patrones taxonómicos, clasificaciones naturales en sistemática, así como inferencia en patrones evolutivos en biogeografía, ecología y comportamiento, en diferentes dominios de proteínas, organismos vivientes y en el desarrollo de enfermedades emergentes (epidemiología molecular).

El uso caracteres morfológicos y morfométricos, de comportamiento y ecológicos, así como el uso de secuencias de ADN y de Aminoácidos pueden ser incorporados en estudios evolutivos filogenéticos mediante métodos explícitos, reproducibles y comprobables como la CLADISTICA para obtener hipótesis evolutivas en grupos animales, vegetales y microorganismos.

Por estas razones, la aplicación de métodos filogenéticos (cladísticos) son útiles para estudiantes y profesionales en diferentes áreas de la Biología, Medicina, Agronomía y Veterinaria.


En la mayoría de los pensa de Biología en muchos países existe la posibilidad de que el estudiante adquiera una formación en ésta área de la sistemática con todas las aplicaciones señaladas, siendo cada vez mas importante en el ámbito científico general. Este curso proporcionará los aspectos filosóficos, técnicos teóricos básicos cladísticos de una manera holística, ofreciendo al estudiante los conocimientos básicos y sus aplicaciones, con la posibilidad de interpretación y discusión de artículos en el área, así como de propuestas o ideas de tesis y proyectos de investigación. Igualmente se introducirá al participante en otros métodos utilizados como los algoritmos inductivos (Máxima Verosimilitud y análisis Bayesianos).

PROGRAMA SINÓPTICO


I.               Introducción                                                                                                              Semana 1
II.              Bases Teóricas de Cladística                                                                                                   Semana 1
III.            Codificación de Caracteres                                                                                                                          Semana 2
IV.            Determinación de la Polaridad de Caracteres                                                          Semana 2
V.              Construcción de Árboles                                                                                                             Semana 3
VI.            Estimadores y Estadísticos en Árboles                                                                   Semana 3
VII.           Cladística y ADN: Teoría y métodos                                                                     Semana 4
VIII.         Métodos alternativos a la Parsimonia                                                                    Semana 5
IX.            Bioinformática y utilización de software (demostrativo)                                                       Semana 5
X.              Aplicaciones de la Cladística, discusión de trabajos publicados
(Morfología, ADN; aplicaciones en Zoología, Botánica, Ecología,
Comportamiento, Bioquímica, Virología, Epidemiología) y
Proyectos de Tesis e Investigación                                                                                     Semana 6/7
XI.            Clausura                                                                                                                 Semana 7


CONTENIDO PROGRAMATICO


I. INTRODUCCION
Taxonomía alfa, beta y gamma. Nomenclatura Zoológica. Concepto de especie, discusión. Escuelas de Sistemática, discusión. Hennig y la sistemática filogenética.

II. BASES TEORICAS DE CLADISTICA
Homología y analogía, similaridad especial. Conflicto entre similaridad y parsimonia. Homoplasia. Monofilia, parafilia y polifilia. Grupos hermanos y relaciones descendencia-descendencia. Discusión sobre el método evolucionista, fenético y filogenético.

III. CODIFICACION DE CARACTERES
Tipos de caracteres. Caracteres binarios y multiestado. Series de transformación. Caracteres ordenados y desordenados. Aditivos y no-aditivos.

IV. DETERMINACION DE LA POLARIDAD DE CARACTERES
Polaridad y mitos sobre la polaridad de caracteres. Determinación de polaridad, métodos a priori y a posteriori.

V. CONSTRUCCION DE ARBOLES
Construcción de matrices. Distancia. Parsimonia: tipos de parsimonia. Transformaciones aceleradas y retardadas. Optimización de caracteres y de “datos perdidos”. Algoritmos exactos y heuristicos. Enraizamiento.

VI. CONFLICTO DE CARACTERES. ESTIMADORES Y ESTADISTICOS EN ARBOLES
Estadisticos. Valores de confiabilidad. Arboles de consenso. Alternativas a la parsimonia. Repesado. Re-evaluación de caracteres y taxa.

VII. CLADISTICA Y ADN: Teoría y métodos
Homología, similaridad, pruebas de homología. Nucleótidos y aminoácidos como data: substituciones, gaps, alineamientos de secuencias. Distancia y parsimonia. Alternativas.

VIII. METODOS ALTERNATIVOS A LA PARSIMONIA.
Maxima verosimilitud, Análisis bayesianos. Uso de reloj molecular en estimación de tiempos de divergencia.

IX. APLICACIONES DE LA CLADISTICA
Taxonomía, sistemática, comportamiento, ecología, coevolución, epidemiología, biogeografía, filogeografía.

XI. DISCUSION. APLICACIÓN DE LOS CONOCIMINEROS ADQUIRIDOS. EVALUACION.

 

BIBLIOGRAFIA BASICA




1.      Crampton JM, Beard CB,  C Louis 1997. The molecular biology of Insect disease vectors. Chapman & may, NY. 578 p.
2.      Crisci JV, L Katinas, P Posadas. 2000. Introducción a la Teoría y Práctica de la Biogeografía Histórica. Ed Soc Argentina de Botánica., Buenos Aires. 169 pp.
3.      De Luna, E. , Guerero J.A., & T. Chew-Taracena. 2005. Sistemática biológica: avances y direcciones en la teoría y los métodos de la reconstrucción filogenética. Hidrobiológica., 15:351-370.
4.      DeSalle, R, G Giribet, W Wheeler (2002). Molecular Systematics en Evolution: Theory and Practice. Birkauser Verlag, 309 pp.
5.      Felsenstein, J. 2004. Inferring phylogenies. Sinauer Associates, Inc. Publ. Sunderland, Mass pp. 663
6.      Forey P, Humphries C, Kitching I, Scotland R, Siebert D, Williams D. 1995. Cladistics, A practical course of systematics  (S A Publications, Ed.), , Claredon Press, Oxford. p.
7.      Freeland, JR (2005). Molecular Ecology.John Wiley & Sons, Ltd. England. 388 pp.
8.      Futuyma DJ. 1998. Evolutionary Biology. Sinauer Associates, Inc. Publ. Sunderland, Mass 3rd Ed. 763 pp.
9.      Goloboff P. 1998. Principios Basicos de Cladistica 1era edit (S A d Botanica, Ed.), , Sociedad Argentina de Botanica, Buenos Aires. p.
10.   Harvey PH, AJ Leigh Brown, J Maynard, Nee S1998. New uses for new Phylogenies. Oxford Univ Press. 349 pp
11.   Henning W. 1966. Elementos de una sistemática filogenética, Ed. Universitaria de Buenos Aires, Buenos Aires. p.
12.   Hillis DM, Moritz C, Mable BK. 1996. Molecular Systematics  (1996). Molecular Systematics. Sinauer Assoc. Inc., Pub. Sunderland, MA. Second Edition.655 pp. edit, , Sinauer Assoc. Inc., Pub., Sunderland, MA. p.
13.   Humphries CJ, Parenti LR. 1999. Cladistic Biogeography. Second Ed. Oxford Biogeography Series No.12. 187 pp.
14.   Li WH 1997. Molecular Evolution. Sinauerr Assoc Inc Pub. Mass. 487 p.
15.   Hoy MA 1994. Insect molecular genetics. Academis Press, NY. 546 p.
16.   Limpscomb D. 1998. Basic of Cladistic Analysis, George Washington Univ., Washington. p.
17.   Lorente-Bousquets J, Luna Vega I. 1994. Taxonomia Biológica. UNAM, Mexico, Dir Gral Pub y Fomento Editorial. 626 pp.
18.   Morrone JJ  2000.  El Lenguaje de la Cladística. UNAM, Mexico, Dir Gral Pub y Fomento Editorial. 109 pp.
19.   Morrone JJ, J Llorente-Bousquets 2002. Cuatro mitos acerca de la Cladistica. Dugesiana:  9(1): 47-51.
20.   Miyamoto MM, Cracraft J. 1991. Phylogenetic analysis of DNA sequences. Oxford University Press, Oxford. p.
21.   Page R, Holmes E. 1998. Molecular Evolution, A Phylogenetic Approach. Blackwell Science, Oxford. p.
22.   Perera, J, A Tormo y JL Garcia. Ingenieria Genética. Vol I. Preparación, análisis, manipulación y clonaje de DNA. Editorial Sintesis, Madrid. 527 pp.
23.   Quicke DL. 1995. Principles and Techniques of contemporary taxonomy. Terciary Level Biology (C Hall, Ed.), Blackie Academic & Profesional, Glasgow. p.
24.   Russo Matioli S. 2001.  Biologia Molecular e Evolucão. Holos Editora Ltda Riberão Preto, SP, Brasil.
25.   Scrocchi G, Dominguez E. 1992. Introducción a las Escuelas de Sistemática y Biogeografía. No.40 .    Opera Lilloana, , Fundación Migel Lillo, Tucumán, Argentina. p.
26.   Wheeler, W.C. 2012. Systematics: A course of Lectures. John Wiley & Sons, Ltd, West Sussex, PO19 8SQ, UK. 452 pp.






[*] NOTA: El curso se llevará a cabo solo los días viernes entre el 26 de abril y el 7 de junio.

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